NGS实验室设计之分区设计
由于NGS技术容易出现实验室污染,导致检测结果不准确。因此设计一个严格有序、规范的NGS实验室是非常必要的,且各分区要设计分明,功能对应。
1. 试剂准备区
本区域为洁净区域,用于试剂的配制、分装及少量储藏等,需存放于此区域的试剂不可逆行由后续处理样本的区域进入。另外,试剂盒中的阳性质控品和对照品不应贮存于此区域。
2. 样本准备区
本区域为半污染区,用于核酸的提取及浓度测定。在提取不同类型的样本(新鲜组织、FFPE、血液等)核酸时应避免样本之间的交叉污染,建议在区域内设置不同样本的独立的超净工作台。布局时应注意高速离心机运行时产生的振动是否干扰其它设备等细节。
3. 文库制备区
本区域为半污染区,用于文库的构建。NGS检测时常见的文库制备方法有杂交捕获法和扩增子法,两种方法均包含通过PCR放大文库产量的步骤,因此在文库制备区构建文库时,建议文库扩增产物传递至下一阶段区域(杂交捕获区)进行纯化及后续操作。另外,组织样本进行捕获法建库时需要先对样本做片段化处理,因此操作台面规划时应区分片段化区域和建库区域。
4. 杂交捕获区
本区域为半污染区,用于文库扩增后的纯化,以及后续的二次扩增或捕获富集等步骤。严防此区域扩增产物及气溶胶等对其它区域的污染,尽量减少人员在该区域与其它区域之间反复频繁流动,同时该区域的实验物品、实验服等尽量避免外带。
5. 文库扩增区
本区域为半污染区,对杂交捕获产物进行PCR扩增富集,同时对上机测序前的文库进行质控,并且完成文库上机前文库*终的稀释和混样。
6. 测序分析区
本区域为半污染区,用于文库的上机测序。此区域应配备稳定的供电设施及备用电源,并配备独立的制冷设施保证测序仪在相对恒定的温湿度环境下工作;还需开设适宜面积的机房用于放置服务器等,所配备的网关设备应兼具稳定性和安全性,确保数据有效、安全传输。
7. 电泳区
本区域为半污染区,用于核酸样本质量和文库片段的分析。
总之,一个规范的NGS检测实验室是获得准确检测结果的重要保障,在实验室运行过程中要始终坚持“工作有序、互不干扰、防止污染、报告及时”的基本准则。
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